传统上使用环氧乙烷气体和甲醛来去除
生物安全柜的污染。两种化合物都是致癌物。它们的蒸气在排入大气之前必须被中和，并且在清理过程中可能会产生危害。相反，H2 O2不具有致癌性。气体迅速分解成氧气和水，净化程序是自包含和自动化的。
涉及H2O2的确切去污反应尚不清楚，但研究人员推测活性成分是H2O2分解释放的氧自由基。对各种真菌，细菌和病毒进行的研究表明，D值（表示杀死特定浓度的生物体所需的时间）与H2O2相当有利。
去污程序
H2O2去污程序需要四个步骤; 干燥箱体，浓缩蒸气，对箱体进行消毒，并通过通风来稀释和除去任何剩余的蒸气。
在灭菌之前，必须清除机柜内的湿气，以便空气吸收H2O2。在空气中，过氧化氢蒸气表现得非常像水蒸气（H2O）。因此，如果柜内的相对湿度很高，空气将不具有足够的能力来吸收有效去污所需的过氧化氢的量。一些发电机通过循环通过机柜的干燥空气来去除现有的水蒸气开始它们的循环。
干燥机柜后，以高注入速度引入过氧化氢直**空气接近饱和。在此浓度下，与蒸气接触的有机体将在D值的基础上在两到三分钟内死亡，但必须将蒸汽带到机壳的所有部分。典型机柜上的测试表明，灭菌阶段应持续25到90分钟，这取决于机柜特性和蒸汽分布的均匀性。
达到完全浓缩后，发生器降低喷射速率，但它继续供应蒸汽以弥补H2O2稳定分解成氧气和水。保持稳定，接近饱和的蒸汽水平以确保足够的去污 - 通常被定义为杀死**少13106 个生物体是非常重要的。灭菌阶段结束后，发生器以每分钟20立方英尺（cfm）的速率排出空气，并分解其捕获的任何H2O2。然后发电机将空气除湿并将其送回机柜。这个通风过程一直持续到蒸气浓度下降到1PPM左右。
