去污的主要方法应该是使用有效的，EPA注册的消毒剂，如10％漂白剂，持续10分钟。对于漂白剂等腐蚀性化学物质，消毒后应使用无菌水或70％乙醇冲洗以除去可能损坏不锈钢表面的化学残留物。
紫外线（UV）灯不建议在生物安全柜中使用，也不是必需的。如果安装了紫外线灯，则必须每周清洁一次以清除可能降低杀菌效果的灰尘和污垢。应每周使用紫外线测量仪检查灯具，以确保发射适当强度的紫外线。当房间被占用时，必须关闭紫外灯，以保护眼睛和皮肤免受紫外线照射，紫外线可能会烧伤角膜并引起皮肤癌。如果机柜有滑动窗框，请在操作紫外灯时关闭窗框。
少数BSC有UV灯。使用时，必须定期进行测试，以确保其能量输出足以杀死微生物。在进行这个测试之前，灯泡表面应该用70％乙醇清洗。灯泡打开五分钟后，紫外线测定仪的传感器被放置在工作表面的中央。波长254纳米（nm）时，辐射输出不应低于每平方厘米40微瓦。
