放置在机柜内部的材料或设备可能会导致气流中断，从而导致湍流，可能的交叉污染和/或泄漏容器。额外的用品（如额外的手套，培养皿或烧瓶，培养基）应存放在橱柜外。只有紧急工作所需的材料和设备才能放入生物安全柜中。
在开始工作之前，应**少运行箱式鼓风机五分钟，以便机柜通过清除机柜内的任何微粒来“清除”。研究人员确定，应使用70％酒精（EtOH）或其他消毒剂擦拭窗框的工作表面，内壁和内表面，以符合特定活动的要求。请注意，漂白剂具有腐蚀性，任何用于净化生物安全柜表面的漂白剂必须通过用水或70％乙醇冲洗以保证金属表面经过足够的接触时间进行表面去污后去除。
在生物安全柜中工作时，员工应该戴上一次性手套和实验服。置于柜内的所有材料和容器的表面应该用70％的酒精擦拭，以减少污染物进入机柜环境。用户的手臂应直接进入生物安全柜，避免扫动，防止柜内气流中断。
人员应提前规划他们将在生物安全柜内执行的操作，以避免意外污染文化。一种这样的方法涉及将无菌培养物与去污染和污染的物品分离。下面说明了在II类BSC中“从清洁到肮脏”的典型布局。清洁培养（左）可接种（中）; 被污染的移液器可以在浅盘中丢弃，并浸入10％漂白剂中去除污染物，同时可以将其他污染物质放入生物危害包中（右图）。对于左撇子来说，这种安排是相反的。
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工作完成后，所有容器和设备都应进行表面净化处理并从机柜中取出。在工作日结束时，机柜的**终表面去污应包括擦拭工作表面，机柜的侧面和后面以及玻璃内部。调查人员应摘下手套和长袍，并洗手，以此作为安全微生物实践的**后一步。
