I类生物安全柜与化学通风柜类似，其内部气流通过前部开口。来自生物安全柜的废气通过HEPA过滤器，以便设备为工人和公众提供保护。然而，橱柜中的产品（研究材料）受到污染。
II类生物安全柜旨在保护工作人员，环境和产品。II类机柜是前部局部开放的垂直层流柜。通过从房间流入机柜的未经过滤的空气形成的空气幕和HEPA过滤的空气通过顶部格栅向下进入机柜，防止机柜中的空气污染物溢出开口。一部分过滤后的空气用于保持气幕，其余部分向下传递到工作表面，并通过工作表面的前后边缘处的格栅抽出。
来自顶部格栅的HEPA过滤空气以均匀的向下运动流动，以**小化空气湍流。正是这种空气提供并保持了一个清晰的空气工作环境。通过工作台前后烤架吸入的空气百分比也经过HEPA过滤并从机柜中排出。
III级生物安全柜或手套箱是气密柜，柜内的所有操作均通过手臂长度的橡胶手套进行。进入III级机柜的空气经HEPA过滤，排气通过两个HEPA过滤器串联过滤，并直接排放到外部。
